Само по себе слово непременно не требует постановки знаков препинания.

В данном случае пунктуация зависит от строя предложения. Если непременно относится к глаголу и выступает в роли обстоятельства (Я непременно вернусь туда), то запятая не нужна. Если это сложное предложение ("Ты думаешь вернуться?" — "Непременно, я вернусь туда".), то запятая ставится между его частями.

Ответ на этот вопрос зависит от стиля текста. Поскольку такое употребление слова пузырь носит разговорный оттенок, то можно сказать, что чем более строг и серьезен текст, тем более уместны кавычки: они покажут, что это слово из обиходного употребления, и помогут обратить на него внимание тех читателей, которые пока с таким значением не знакомы.

Определения являются однородными и разделяются запятыми, если стоят после определяемого существительного (в этом положении каждое из определений непосредственно связано с существительным и имеет одинаковую смысловую самостоятельность). Вот аналогичные примеры: Я видел женщину молодую, прекрасную, добрую, интеллигентную, обаятельную (Ч.); Я буду тогда обладать истиной вечной, несомненной (Т.).

Исключениями являются терминологические сочетания, например: астра ранняя махровая.

Вопрос «В каких случаях ставится запятая после и?» мало чем отличается от вопроса «В каких случаях ставится запятая в предложении?». Знак ставится, если того требует синтаксический строй предложения (например, если после и следует обособляемый оборот, вводное слово, придаточное предложение и т. д.), а сам по себе союз и не требует постановки после себя какого-либо знака препинания.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Форма управления «доказать о том» является устаревшей, оценивается как просторечная и не соответствует современным нормам русского языка. Хотя на протяжении XIХ — первой трети ХХ века она была распространена: Признаюсь, у меня было сильное желание, чтобы кто-нибудь из сыновей был легко ранен; это бы вернуло его к нам и заодно доказало о добросовестной службе в строю [К. К. Романов. Дневники. Воспоминания. Стихи. Письма (1914)]. 

Согласно словарю «Как правильно? С большой буквы или с маленькой?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова): Вооруженные силы РФ, Генеральный штаб, вооруженные силы. Однако в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» зафиксированы следующие варианты: Вооруженные Силы РФ, Генеральный штаб РФ. Этот справочник рекомендуется как нормативный источник для оформления официальной документации. Как писать вооруженные силы с указанием других стран, информации в справочниках нет.