Наречие перво-наперво в предложении выполняет функцию обстоятельства и, как любое обстоятельство, выраженное наречием, не требует обособления. В контексте оно может быть выделено запятыми или тире «для смыслового подчеркивания» (см. параграф 77 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Да, запятая ставится именно по этой причине.

Запятая здесь обязательна, она отделяет придаточную часть предложения (с союзным словом который) от главной. Эта запятая поглощает второе тире (см. параграф 65 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина); обратите внимание, что однозначные числа в тексте лучше записывать буквами, а форма боретесь пишется через е: У вас так же пять классов — чародей, варвар, охотник на демонов, колдун и монах, за которых вы боретесь против сил зла на протяжении четырёх актов. (Заметим, что контекст не позволяет однозначно решить, в каком значении здесь употреблена единица так(же), и дать рекомендацию по ее слитному или раздельному написанию.)

Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.

Необходимости в тире нет, но оно может быть поставлено при наличии паузы и логическом ударении на сочетании среди них.

Чтобы избежать перегруженности программы знаками препинания, лучше сверстать ее как таблицу с невидимыми границами, использовав шрифтовое выделение:

Тире между подлежащим и однородными сказуемыми-существительными нужно: Песец по имени Тима — настоящий выдумщик и мастер рассказывать интересные истории.

В данном случае тире отделяет именительный темы.

Слово скрещивающиеся является сказуемым. Тире перед сказуемым, выраженным прилагательным или причастием, по общему правилу не ставится, но оно возможно при подчеркнутом логическом или интонационном членении предложения.

Тире здесь не требуется.