Словарь В. И. Даля потому и носит такое название, что он не диктует норму, а описывает по возможности всё лексическое многообразие русского языка. Глагол отпадывать, разумеется, присутствует в диалектах, однако в лексический состав нормативного современного русского языка он не входит.

Оба варианта могут считаться правильными, хотя есть нюансы.

Во-первых, безоговорочно можно считать предложно-падежную форму из + Р. п. несогласованным определением, если ее можно заменить прилагательным — согласованным определением. Например, Наф-Наф строит дом из камней = каменный дом. Но есть следующий пункт.

Во-вторых, существенное значение имеет то, актуализирован в контексте материал, из которого строится шалаш, или нет. Если материал важен (например, в сказке о трех поросятах он играет ключевую роль), то предпочтительнее видеть в нашей предложно-падежной форме косвенное дополнение: важно не просто какой строится шалаш (на вопрос какой? можно ответить десятком разных прилагательных, отнюдь не обязательно называющих материал), а именно из чего. Поэтому в той же сказке в конструкциях дом из соломы, дом из веток, дом из камней предпочтительнее видеть косвенное дополнение.

Вывод: целесообразно оценивать контекст. Если контекста нет, то предложение воспринимается как сообщение о том, из чего именно построен шалаш (тогда дополнение). Если же из контекста понятно, что материал не в фокусе внимания (Надо было устраиваться на ночлег. Мы быстро соорудили шалаш из веток, разожгли костер и начали готовить себе ужин), тогда вполне можно считать, что перед нами несогласованное определение.

Запятая не ставится.

Вводная конструкция с другой стороны вполне может употребляться самостоятельно — для приведения точки зрения, факта, обстоятельства, которые противоречат или противопоставляются тому, что сказано ранее. Например: Основоположником этого учения является Н. А. Морозов. Многое, о чем пойдет речь ниже, фактически идет от него. Но в своем критическом разборе мы, как правило, не будем специально выделять вклад Н. А. Морозова, исходя из того, что на нынешнем этапе А. Т. Ф. равно ответствен как за выдвинутые им самим положения, так и за те, где он солидаризировался с Н. А. Морозовым. С другой стороны, мы будем ниже во многих случаях говорить именно об А. Т. Ф., даже если цитируется совместная работа, поскольку основная ответственность за концепцию в целом (выраженную во многих книгах) и за используемые методы лежит именно на нем [А. А. Зализняк. Лингвистика по А. Т. Фоменко // «Вопросы языкознания», 2000].

Корректно: заведено дело по факту самоубийства Петрова.

Нет, на союз но это правило не распространяется, так как он может выражать не только противопоставление, но и сопоставление. Например: Он был некрасив, но обаятелен (но = но при этом).

Вы правы: такое употребление нарушает правила оформления перечней.

У глагола пробудиться в значении 'возникнуть, обнаружиться, проявиться' корректна форма пробуди́тся и допустим более новый вариант пробу́дится, а в значении 'проснуться' — только пробу́дится.

Корректно: Видно было, что кустик переехали колесом и уже после он поднялся и потому стоял боком, но все-таки стоял.

Да, такое включение ошибочно: оно нарушает правила косвенной речи.