Не вполне понятно, что Вас смущает: Дуб — дерево. Роза — цветок. Олень — животное. Воробей — птица. Россия — наше отечество. С — скорость.

Эти слова синонимами не являются. Мерин – это кастрированный конь. То есть слово конь обозначает некий класс предметов, а слово мерин – элемент этого класса. Слова, значения которых соотносятся таким образом, в лингвистике называют гиперонимами и гипонимами соответственно. Другие примеры: дерево и береза, птица и воробей. 

Что именно требует пояснения? Перед нами сочетание определяемого слова и приложения, вступающих в гипо-гиперонимические отношения (ср.: дерево береза, кофе эспрессо, день недели понедельник и т.д.). Оснований для использования прописной буквы нет. Основания для постановки кавычек - шаткие (кроме как традицией больше нечем объяснить).

Согласно правилам, перенос деревь-ям не является ошибкой.

Нужна запятая после слова повреждения.

Два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов, пишутся раздельно. Ср.: птица иволга, рыба треска, дерево ольха, цветок роза, минерал лазурит, металл литий.

В справочниках по правописанию рекомендуется отличать такие сочетания от сочетаний типа птица-носорог, рыба-попугай, в которых названием является сочетание целиком, поскольку носорог — не птица, а попугай — не рыба. Подобные составные наименования пишутся через дефис.

Сочетание лен-долгунец занимает промежуточное положение между приведенными группами. С одной стороны, компоненты находятся в родо-видовых отношениях, с другой — представляют собой устойчивое наименование. Слово долгунец редко употребляется как самостоятельное название льна в отличие от слова стерх, которое часто используется для называния журавлей. 

Совершенно верно, эти словосочетания не являются количественно-именными, в отличие от много деревьев или пять деревьев. И (в отличие от количественно-именных) они не являются одним членом предложения. И многие, и некоторые — распространители (определения) при подлежащем. Тот факт, что определения многие и некоторые косвенным образом указывают на количество, не превращает их в количественные слова: они только имеют количественный компонент в значении.