Кавычки нужны, пунктуация верна.
Да, нужны: по правилам кавычками выделяются слова, употребляемые в специальном, профессиональном значении.
Запятые нужны: Один из них, Андрей Ковальчук, работает здесь, в Кижах.
Правило простое: под ударением всегда пишется та буква, которая слышится. Ударная позиция является сильной для гласных.
Словари однозначно квалифицируют вполовину как наречие. Раздельное написание ненормативно.
Запятая ставится по общему правилу (между частями сложноподчиненного предложения).
Правилен второй вариант.
Работает грамматическое правило: два подлежащих с предметным значением предопределяют форму множественного числа сказуемого: договор и приложение подписаны.
Оба варианта корректны.
Названия отделов организаций пишутся строчными буквами.