Вы совершенно правы: написание с большой буквы каждого слова в названии противоречит правилам русской орфографии. В названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Правильно: Городской дворец культуры Красноармейска (если Городской — первое слово официального названия), Красноармейский городской дворец культуры (если первое слово в официальном названии — Красноармейский).

Грамматически корректно: МБОУ Новоусманская СОШ № 5, расположенное... Определение согласуется с аббревиатурой МБОУ. Обратите внимание: название школы после аббревиатуры правильно было бы заключить в кавычки, однако если уставом школы закреплено название без кавычек, то в официальных документах его придется воспроизводить.

Начнем с конца. Слова типа ДНК-тест, ПВО-система зафиксированы академическим «Русским орфографическим словарем», они пишутся через дефис (см. также ресурс «Проверка слова»). Приставка, которая присоединяется к слову, начинающемуся с заглавной буквы, тоже пишется через дефис, и об этом тоже есть информация в словаре. Образования с аббревиатурой в середине пока словарем не отмечены, но по правилам логично писать их с двумя дефисами. Возможно, словами такой модели уже нужно дополнить словарь, передадим Ваш вопрос лексикографам.

В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что в сочетании с некоторыми родовыми словами, среди которых есть термин поселок, топонимы обычно не склоняются. Полагаем, что указанной тенденции можно придерживаться и в сочетаниях с аббревиатурой пгт. 

Оба варианта возможны, однако фонетически корректнее: во ФГУП.