Это вставная конструкция с пояснительным союзом.

Прилагательное Чебаркульский здесь действительно начинается с прописной буквы, но не потому, что оно образовано от названия города, а потому, что это первое слово в названии организации.

Через дефис пишутся многие прилагательные, основы которых связаны не сочинительной (молочный и консервный), а подчинительной связью (молочные консервы): моло́чно-животново́дческий, моло́чно-промы́шленный, моло́чно-разда́точный, моло́чно-това́рный, моло́чно-хозя́йственный.  Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (−н-, −енн-, −ое-, −ск- ). 

В области написания прилагательных с не много словарного материала, то есть написаний, закрепившихся в языке и фиксирующихся в словарях. Так, есть прилагательное незамужний и соответствующее ему понятие (см., например, «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова). Слово немолочный пока словарями не фиксируется, хотя, по-видимому, в терминологическом употреблении формируются понятия немолочный жир, компонент (какого-то продукта). В этом же смысле в Вашем предложении возможно написание немолочный напиток. Но возможно и написание не молочный напиток, которое будет выражать идею отрицания принадлежности к молочным напиткам. Выбор должен определяться смыслом, который нужно передать и который проявляется в более широком контексте.

Если сказуемое выражено прилагательным, тире обычно не ставится, но правилами оно допускается для логического и интонационного членения фразы. Вот примеры, которые приводит Д. Э. Розенталь: Зрачки — кошачьи, длинные; Высота возле разбросанных домиков хутора — командная.