Одно из значений прилагательного воинский — 'относящийся к армии или к службе в ней'; ср.: воинская служба; воинские учения; воинское подразделение <соединение, формирование>; воинская часть; воинское звание; обязательная воинская повинность; воинское мастерство; воинская присяга. Прилагательное войсковой по происхождению и значению тесно связано с понятием 'войско', что отражается в его сочетаемости: войсковой эшелон; войсковой комитет; войсковые маневры; войсковой круг (в старину: собрание в казачьих войсках, решавшее вопросы войны и мира, организации походов, выбора атамана и т. п.); войсковой старшина (офицерский чин в казачьих войсках). Значение 'относящийся к войску' прилагательное выражает и в сочетании войсковая часть. Эта формально-организационная особенность проявляется в традиции присваивать войсковым частям номера. Вывод: выражения войсковая часть и воинская часть могут быть употреблены при указании на различающиеся по тем или иным параметрам подразделения в вооруженных силах, но могут быть использованы и как синонимы. Несомненно, в речи официально-деловой, профессиональной и научной важно следовать требованиям терминологической точности.

Рекомендуется использовать предлог в: Позже он продолжил службу в должности водителя-электрика в реактивном артиллерийском дивизионе войсковой части в Северном морском флоте. Сочетание с предлогом на (служить на флоте) словари относят к профессионализмам.