Айболи́т, -а
до́ктор Айболи́т
Ответы справочной службы
Корректно по всему тексту писать Айболит без кавычек. В рамках рассказа Айболит становится прозвищем данного персонажа, и нет необходимости всякий раз подчеркивать кавычками условность этого наименования.
Справочники
§ 159. С прописной буквы пишутся личные имена, отчества, фамилии, псевдонимы, прозвища, напр.: Ольга, Алёша, Александр Сергеевич Пушкин, Пётр Ильич Чайковский, Адам Мицкевич, Гай Юлий Цезарь, Исаак Ньютон, Римский-Корсаков, Салтыков-Щедрин, Шолом-Алейхем, Ханс Кристиан Андерсен, Жан Жак Руссо; Александр Македонский, Вильгельм Завоеватель, Всеволод Большое Гнездо, Ричард Львиное Сердце, Екатерина Великая, Елена Прекрасная, Ярослав Мудрый, Юрий Долгорукий, Иван Грозный, Карл Смелый, Катон ...
...Макбет, мистер Пиквик, дед Мазай, царь Дадон, доктор Айболит...