Действительно, в примечании 1 к § 208 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина говорится о том, что инициальная часть сокращенного слова обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными. Однако там же приводятся слова, написание которых этому правилу не следует: ГУЛАГ, СИЗО и др. Кроме того, сама формулировка правила, включающая слово «обычно», говорит о том, что оно не обладает стопроцентной императивностью. Поэтому в соответствии с приведенными здесь орфографическими прецедентами можно сделать вывод о допустимости написаний КОМмод и КОММОД.

Что касается варианта КОММод, то и у него есть своя логика: здесь прописными маркированы первые буквы составляющих данное сокращение слов, как это обычно и делается в аббревиатурах. Так что с точки зрения языковой логики допустимы все три варианта написания. Дальнейший выбор обычно делается исходя из традиции употребления. Как я понимаю, в данном случае такая традиция еще не сформировалась.

Поэтому «неразрешимые споры» не всегда должны разрешаться в пользу какой-то одной стороны. Лучшим выходом была бы толерантность к каждой из точек зрения.

Аббревиатурные названия производственных марок и изделий пишутся без кавычек: мы закупим у КамАЗа; 10 беспилотных КамАЗов; автомобили КамАЗ; автомобили марки КамАЗ. В названиях организаций, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки: компания «КамАЗ».

Академическим орфографическим словарем современного русского языка зафиксированы как нормативные два варианта написания этого наименования: КамА́З, -а и КАМА́З, -а (Камский автомобильный завод; автомобиль этого завода). 

А. С. Пушкин — это, конечно, не одно слово, а три, только два из них сокращены. Первые буквы имени и отчества, или имени и фамилии, или имени, отчества и фамилии называются инициалами. Инициалы относятся к графическим сокращениям. Приведем другие примеры графических сокращений: зав. кафедрой, Ин-т рус. яз. Все графические сокращения не являются словами в отличие от аббревиатур (сложносокращенных слов). Примеры аббревиатур: завкафедрой, ИРЯ (Институт русского языка). О графических сокращениях и аббревиатурах можно почитать в правилах орфографии. 

Заглавная буква не в начале слова встречается в дефисно пишущихся сочетаниях (например, Нью-Йорк, пол-Европы), аббревиатурах (например, КамАЗ). Модное веяние нашего времени — писать заглавную букву в словах-названиях типа АвтоМотоКлуб, но такое написание не закреплено правилами орфографии и не рекомендуется.

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.