Это канцеляризм. С точки зрения литературного языка такое употребление неверно.
Фактически слово присечь используется лишь в составе фразеологизма "присечь язык" - заставить молчать.
Возможные варианты: вагоны под номерами 1 и 2.
Да, пробел нужен.
См. ответ № 273207.
Верен второй вариант.
Корректно: Поддерживается версия протоколов 1 и 2.
Правильно: согласно разделу и приложению. Если слово Договор с большой буквы (как условное обозначение), то слова "указанного выше" не нужны.