Да, именно с такой пометой — грубое — это слово и дано в словарях.

Ошибки нет. См. пахнуть

Большой универсальный словарь русского языка

ПА́ХНУТЬ

1.0.2. безл. О наличии какого-л. запаха.   Син. <разить разг.>.

Где-л. (напр., в комнате, в саду, на кухне …) или от кого-чего-л. (напр., от мальчика, от платья …) пахнет духами (розами, мятой, рыбой, бензином, чесноком, луком, краской, потом, газом, гарью, горелым, палёным, дымом, лекарствами, сыростью, плесенью, псиной, мышами …). Где-л. или от кого-чего-л. [не]хорошо ([не]приятно, плохо, дурно, скверно, ужасно, отвратительно, сильно, резко, слабо, немного, чуть-чуть разг., сладко, вкусно …). 

Различия есть: в предложении С учёбой (—) беда слово беда имеет значение 'плохо, скверно' и близко по функции к словам категории состояния (аналогично обстоит дело со словом засада в предложении С контрольной (—) засада), а в предложении С дедушкой (—) беда слово беда употреблено в значении 'несчастье, горе' и выполняет функцию подлежащего в эллиптическом предложении (самостоятельно употребляемом предложении с отсутствующим сказуемым). В эллиптических предложениях тире ставится при наличии паузы и не ставится при её отсутствии. Что касается случаев первого типа, то пунктуация в них не кодифицирована, но, как представляется, здесь можно действовать аналогичным образом: ставить или не ставить тире в зависимости от паузы.

Возможен такой вариант: Понятно, почему он поступил так, — были причины. Но всё равно получилось скверно.