Это слова с разным значением. Опосредованно = не напрямую. Посредством = с помощью.
Обстоятельство, выраженное наречием иногда, может быть обособлено. Заметим, что в приведенном контексте оно не является уточняющим, так как здесь нет уточняемого обстоятельства.
Корректно: В данном случае, однако, эта роль не столь очевидна, как в классических «цветных революциях», она опосредована, замаскирована и во всех отношениях более продуманна. Также можно обосновать написание слова продумана с одним Н (как краткой формы причастия).