Дело в том, что это не причастие, а прилагательное.

Раздельное написание не заметный правильно в следующих случаях: если есть или подразумевается противопоставление; если при прилагательном в качестве пояснительного слова стоит местоимение, начинающееся с ни (ни для кого не заметный), если не входит в состав усилительных отрицаний далеко не, отнюдь не, вовсе не, ничуть не, нисколько не и т.п., предшествующих прилагательному (нисколько не заметный). В остальных случаях правильно слитное написание.

Корректно слитное написание.

Запятая в этом предложении обязательно нужна, поскольку оно сложное. Что же касается места этой запятой, то всё зависит от того, к чему относится обстоятельство перед первым применением:

Чтобы проверить устойчивость красителя перед первым применением, нанесите гель на незаметный участок ткани и после смойте водой (если обстоятельство относится к глаголу проверить);

Чтобы проверить устойчивость красителя, перед первым применением нанесите гель на незаметный участок ткани и после смойте водой (если обстоятельство относится к глаголу нанесите, что выглядит более логичным).

Заметный, незаметный — это отглагольные прилагательные, связанные с глаголом заметить. От глаголов образуются не только причастия, но и прилагательные, например: усталый, изменчивый, бешеный. Причастия образуются с помощью небольшого, строго определенного набора суффиксов и сохраняют некоторые глагольные признаки. В частности, полные страдательные причастия образуются при помощи суффиксов -нн-, -енн-, -т-. При этом они могут употребляться с творительным падежом существительного или местоимения со значением действующего субъекта: прочитанный, побежденный, опрокинутый кем-то. Поэтому страдательное причастие от глагола заметить — это замеченный, ср.: замеченный кем-то, но невозможное *заметный кем-то.