В названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Если это официальное название музея, то корректно писать слово музей с большой буквы: Музей Московского вертолетного завода им. Миля.
Если это официальное название музея, то корректно писать с заглавной буквы: Музей воинской славы. Если сочетание выступает как родовое обозначение, то нужно писать со строчной.
Написание правильно, если официальное название музея – Мемориальный музей космонавтики. Если же прилагательное московский входит в официальное название музея, то правильно: Московский мемориальный музей космонавтики.
По общему правилу в названии этого музея с большой буквы пишется первое слово и входящее в состав названия имя собственное: Палаты бояр Романовых.
Слово дом-музей пишется с большой буквы, если начинает собой официальное название музея: посетить Дом-музей М. Волошина. Но (не в начале названия): Мемориальный дом-музей С. Т. Аксакова.
Названия усадеб пишутся без кавычек (усадьба Михайловское), но названия музеев-усадеб заключаются в кавычки (музей-усадьба «Михайловское»). Кавычки помогают разграничить топоним (географическое название) и название музея.
Название этого музея - искусственное словообразование. Оно состоит из русского эра и арт (art, искусство).
Название музея пишется с прописной буквы: Музей истории религии.