Название должности генеральный директор пишется со строчной буквы. Правильно: генеральный директор, заместитель генерального директора, и. о. генерального директора. С прописной буквы пишутся только названия высших государственных должностей (и то лишь в текстах официальных документов).

В строгой деловой речи как раз и принято формальное согласование, по мужскому роду, т. к. в официальной документации на первое место выдвигается информация о должности (безотносительно к полу лица): в лице генерального директора Ивановой, действующего на основании... (обратите внимание: название должности генеральный директор пишется строчными).

Знаки расставлены верно. Приложения (должность, ученая степень, звание и др.), стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения, разделяются запятыми и обязательно выделяются.