Грамматически верны оба варианта. Выберите тот, который больше подходит по смыслу: одна помеха из нескольких источников или несколько помех из нескольких источников.
Для постановки запятых нет оснований.
Верно: По теме дипломной работы изучен 41 литературный источник.
Пожалуйста, сообщите номера вопросов, о которых идет речь.
Правило таково: точки не ставят в конце сокращений, образованных путем удаления гласных. Сокращения млн, млрд (без точек) зафиксированы, например, здесь: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Правильно: искал в сотнях источников.
Запятые не нужны.
Лучше изменить порядок слов: 56 отечественных источников и 223 зарубежных.
Все запятые поставлены правильно. Выделяется не слово что, выделяется придаточное предложение, присоединяемое этим союзом, а также вводное сочетание со словами по информации, в составе которого есть причастный оборот.