Правильная пунктуация: Главное, не завестись на передаче, иначе может включиться вариатор и мотоцикл уедет один. Вводное слово главное отделяется запятой. Запятая перед и не ставится, т. к. части сложного предложения объединены словом иначе.
Можно сказать и так и так.
Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, смертельный – приводящий или способный привести к смерти. Поэтому сочетание смертельная болезнь корректно. А вот смертоносный – несущий, вызывающий смерть. Сочетание смертоносная болезнь не употребляется.