Корректно написание жардиньер, алюмет. Для первого слова в русском языке уже есть родственные жардинье́рка и жардинье́рочный. Для второго возможно написание по аналогии с другими французским словами, где удвоенное tte(s) на конце слова в русском языке упрощается, ср. амулет (amulette), багет (baguette), силуэт (silhouette), туалет (toilette), эполеты (épaulettes).
Согласно «Орфографическому словарю» РАН существительное аллель женского рода.