Да, фамилия Шапочка склоняется – и мужская, и женская.
Корректно написание через дефис по правилу о сочетаниях с однословными приложениями, предшествующими определяемому слову, ср.: старик-отец, красавица-дочка, умница-сын, герой-лётчик, мудрец-писатель, проказница-мартышка, самодурка-мачеха, трудяга-следователь, профан-редактор, пройдоха-управляющий. Такие приложения носят оценочный характер. Однако заметим, что в некоторых руководствах по правописанию рекомендуется писать подобные сочетания без дефиса. Эта рекомендация является устаревшей.
Вы правы, корень -шапк- имеет вариант -шапоч-. Звуки, обозначаемые буквами к и ч, чередуются, буква о обозначает беглый гласный звук. Правило о написании беглых гласных можно прочитать здесь.
Очевидно, в случаях, когда необходимо привести точное название продукции — в перечнях товаров и прочих документах — определяемое слово конфеты само по себе не выражает нужного смысла и нуждается в определении (см. пункт 2 параграфа 18.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Здесь структурный принцип (необходимость обособить причастный оборот в постпозиции) уступает место смысловому.
Тапка и тапочка – существительные женского рода. Правильно: две тапочки.
