Базу данных Диалектологического атласа русского языка можно найти на сайте Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН.

Да, в приведенных предложениях сочетания по Библии и по Толстому вводные, поскольку указывают на источник информации.

Если приводится дословная цитата из текста Д. Писарева, то оформляется она именно так, как Вы оформили. Пунктуация при цитатах в справочниках обычно описывается отдельно от пунктуации при прямой речи, хотя эти явления очень близки друг другу. В научной литературе применительно к тому и к другому может использоваться термин чужая речь.

Сочетания типа по теореме X являются скорее обстоятельством причины (≈ «поскольку такова теорема Х»), нежели ссылкой на источник информации; теорема может быть приведена в разных источниках, созданных разными авторами. Конструкции вроде по словам учёных или по расчётам кого-то заключают в себе субъективность, то есть высказывание основано на мнении, данных или расчётах, которые могут быть подвержены изменению интерпретации или оценке. Такая субъективность характерна для вводных конструкций. 

При этом сочетания типа по теореме Х могут быть выделены запятыми, как и любые другие обстоятельства, для попутного пояснения или смыслового выделения. 

грамм, -а; р. мн. граммов, счётн. ф. грамм и граммов. 

Постановка/непостановка запятой зависит именно от того, является ли по словам близких общей частью предложения. По словам близких, у него случился инсульт и он не получил необходимой помощи (также по словам близких) — один вариант; По словам близких, у него случился инсульт, и он не получил необходимой помощи (как известно из других источников) — другой вариант. 

Точка после кавычек не нужна, поскольку цитата оканчивается многоточием.

Для проверки воспользуйтесь, пожалуйста, «Справочником по пунктуации».

Действительно, существует особая группа территорий, представление о которых включает исторический, политический, этнический, культурный, эстетический и пр. компонент, в отличие от собственно географических (природных) территорий, названия которых не содержат никаких дополнительных коннотаций. Например, Балтия — это не территория вокруг Балтийского моря, а Латвия, Литва и Эстония, связанные с Россией общей историей; под Восточной Европой понимают не просто часть европейского континента, а часть, населенную преимущественно славянскими народами. Север — полярные и приполярные территории, Арктика. Но сочетание Юг России в написании с заглавной буквы закрепилось в русском культурном фонде как название территории, подконтрольной белогвардейцам в 1918—1920 гг., ср.: Вооруженные силы Юга России — объединенные вооруженные силы Белого движения, образованные 8 января 1919 г. в результате соглашения между командующим Добровольческой  армией А. И. Деникиным и атаманом Донского казачьего войска П. Н. Красновым. Только в таком значении и следует писать с заглавной буквы Юг России.

Оборот согласно словам... возможен, но характерен для официально-деловой речи. По словам — стилистически нейтральный вариант, его можно использовать в любой ситуации.