В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду, так как в официальной документации на первое место выдвигается информация о должности (безотносительно к полу лица): О назначении Ивановой Е. В. временно исполняющим обязанности главного бухгалтера.
Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Если сотрудница стала начальником отдела и главным бухгалтером, то верно: принята на должность начальника отдела — главного бухгалтера.
Возможны оба варианта в зависимости от смыслового согласования (предприниматель или организация).
Следует склонять.
Правильно: на должность бухгалтера.
Правильно: В связи с переводом бухгалтера Виноградовой...
Запятая поставлена верно.
Корректно: бухгалтеры.
Это выражение не является общелитературным. Думаем, прилагательное пооперационный следует заключить в кавычки.