Предпочтительно обособление обстоятельственного оборота с производным предлогом в соответствии с, находящегося между глаголом-сказуемым и прямым дополнением: В ответ на ваше письмо №...... направляем, в соответствии с установленной формой, информацию о ходе.... Об условиях обособления подобных оборотов см. в «Справочнике по пунктуации».

Пропускать эту запятую нет оснований.

Формулировка в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя такова: «Если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится)». В соответствии с ней в предложении действительно должна быть только одна запятая: Я его уж и не считала, сколько смотрела. Следует, однако, обратить внимание на слово обычно в формулировке правила, снимающее его категоричность.

В обоих случаях запятая не нужна.

1. Если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, запятая после который не ставится. Ср.: Направо была дверь, пройдя которую можно было попасть в коридор, ведущий на сцену.

2. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина дается такая рекомендация. В начале предложения не разделяются запятой сочинительный и подчинительный союзы, а также подчинительный союз и союзное слово, напр.: Денис помер. И когда я уезжал, старуха его вынесла мне гуся... Потому что где же они теперь могут встретиться?

Запятая перед что может ставиться при соответствующей интонации. Написание без запятой также верно.

По правилам запятая между частями сложносочиненного предложения ставится. Но есть две причины, чтобы в Вашем примере отступить от правила и не ставить запятую: 1) общее для обеих частей предложения слово "вас"; 2) объединяющая части предложения вопросительная интонация.

Итак, запятая не нужна.

Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, например: Кто записаны, получат билеты получше; У кого детей нет, редко дачу снимают и т. п. В таких конструкциях обычно ставится запятая, однако «при отсутствии интонационного отделения» запятая не ставится: Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает. В Вашем примере есть фактор, отменяющий запятую перед сравнительным союзом как, — смысловая недостаточность глагола выглядело, который без сравнительной конструкции не выражает нужного значения. 

Сравним: Все выглядело в точности так, как запомнилось Марии — в этом случае, при наличии соотносительного слова, запятая ставится обязательно.