Звуки принято писать в квадратных скобках.
Функционально это заголовки.
В предложении обособлен пояснительный оборот после ознакомления с конфигурационными файлами.
Сочетание корректно, оно встречается в литературе.
Слово конфигурация не обозначает процесс, поэтому сочетание некорректно. В определенном контексте в значении 'настройка' можно использовать слово конфигурирование.
Запятая нужна: она отделяет придаточную часть сложноподчиненного предложения — в данном случае придаточное изъяснительное, зависящее от глагола понимаю.
Запятая нужна.
В этом бессоюзном сложном предложении по основному правилу ставится двоеточие, поскольку вторая часть поясняет то, о чем говорится в первой. См. пункт 1 параграфа 129 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.); в примечании к этому параграфу указано, что допустимо вместо двоеточия поставить тире.
В данном случае необходимо понимать, в какой функции и в каком значении употреблено слово ну. Оно фиксируется в словарях как междометие, выражающее определенные эмоции, и как частица. Междометие требует отделения запятой (часто оно вообще представляет собой отдельное высказывание), частица — не требует. См. параграф 108 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.
Правильно: ут-ро. Других вариантов нет.