Вы совершенно правы. Корректны варианты: Решение о пропуске/непропуске принимает сотрудник, основываясь на имеющейся в системе информации и Решение о пропуске/непропуске принимается сотрудником на основании имеющейся в системе информации.

Увы, это вопрос не к лингвистам, а к разработчикам автоматизированной системы тестов. Вероятно, проще всего не ставить знаки препинания в конце элементов перечня, но нужно понимать, что это будет нарушением норм оформления текста. 

Корректно оформить некоторые части предложений как вставные конструкции: 1. На защите итоговых проектов ученик был увлечён своей темой — у него горели глаза — и с большим энтузиазмом показывал нам на проекторе слайды, отражающие основные тезисы его работы. 2. Радио, которое работало у бабушки на кухне днями напролёт (нас с сестрой это всегда раздражало), вдруг притихло, и мы были поражены наступившему молчанию.

Верно: на южном ходу железной дороги.

В профессиональном языке железнодорожников и в текстах СМИ соответствующей тематики действительно используется термин ход, который обозначает определенные направления, маршруты или линии в железнодорожной сети, например южный ход Транссибирской магистрали. В предложном падеже в профессиональной среде принято использовать форму на южном ходу.

Выделять запятыми конструкцию, состоящую из двух однородных обстоятельств, не требуется, однако запятые или тире можно поставить «для попутного пояснения или смыслового выделения» или «для особого подчеркивания» этих обстоятельств (см. параграфы 74 и 76 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

В «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина сказано, что не с существительными и прилагательными пишется слитно, «если существительные и прилагательные в сочетании с не обозначают непринадлежность к какому-либо разряду лиц или явлений, напр.: неврачи, нефранцузы, немарксисты, нехристиане, неспециалисты, немосквичи, нерусские, недемократы, непоэты, нетермины, неметаллы, нестихи».

Оборот со словами несмотря на может не обособляться только в случае, если он стоит непосредственно после глагола (см. параграф 75 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), сравним: Он это сделал несмотря на запрет врачей; Несмотря на запрет врачей, он это сделал; И, несмотря на запрет врачей, он это сделал. В приведенном предложении оборот следует обособить.

Слово совсем действительно может как усиливать утверждение (в своем первом значении), так и подчеркивать отрицание (во втором значении). В этом случае окончательное решение принимает автор.

Название театра «Ла Скала» не склоняется.

Не совсем понятно: Ваш вопрос о написании или склонении фамилии? Если об орфографии, то фамилия пишется так, как зафиксировано в документах ее носителя. Если о склонении, то фамилия Коровка должна  склоняться (и мужская, и женская), например: памятник Павлу Коровке.