В школе это называют "беглыми гласными", они появились в древности в результате исчезновения сверхкратких гласных звуков. В русском языке множество слов, которые склоняются с выпадением гласной О или Е: сон - сна, день - дня, пень - пня, Египет - Египта и др.

Глагол бежать и соответствующие приставочные глаголы (побежать, забежать и т. д.) в школе называют разноспрягаемыми. Они образуют все формы, кроме формы 3 л. мн. ч., по II спр.: бегу, бежишь, бежит, бежим, бежите; а форму 3 л. мн. ч. – по I спр.: бегут.

Звук [э] может находиться только в ударной позиции; попадая в безударную, он редуцируется. В школе обычно этот безударный звук называют звуком [и], хотя правильнее говорить о некотором промежуточном звуке между [и] и [э]. Его называют «и с призвуком э» и обозначают так: [и^э].

Запятая нужна. Сочетание аты-баты, задающее ритм считалке, близко к междометию. Оно, как и междометие, не является членом предложения, не связано с другими словами в предложении, имеет самостоятельное интонационное оформление. Отсутствие запятой, полагаем, ошибкой является, однако не такой ошибкой, за которую следует снижать оценку в школе. 

В школьной методике преподавания русского языка такой вывод в принципе возможен. Но он слабо отражает реальное положение дел. Правильнее было бы обойти этот вопрос в школе, чтобы потом вернуться к нему в вузе (т. е. решить его, руководствуясь более обширными знаниями о морфемных исторических чередованиях).

Предложение нельзя построить таким образом из-за слова около. Возможный вариант: В общей сложности мы дали рабочие места примерно ста тысячам граждан России.

Предпочтительно: в субботнике приняло участие около 50 тысяч человек.

В "Русском орфографическом словаре" эти названия даются без кавычек, так и следует писать.

Ударение падает на окончание. Все формы этого слова, за исключением форм именительного и винительного падежа единственного числа, совпадают с формами слова падеж (в грамматике).

Внести ясность, безусловно, можно назвать устойчивым выражением. Оно зафиксировано во "Фразеологическом словаре современного русского литературного языка" под редакцией А. Н. Тихонова (М., 2004). Однако нужно иметь в виду, что далеко не все лингвисты понимают фразеологию столь же широко, как последователи школы А. Н. Тихонова.