Знаки препинания расставлены верно. Обратите внимание: ...лисы жили, как и люди, в деревянных домиках.

Правильно: Она зрила (он зрил, они зрили) в корень. Глагол зреть спрягается по-разному в зависимости от значения: зреть, зрю, зрит (смотреть); зреть, зрею, зреет (созревать).   

Запятая перед «чем» нужна. 

Запятыми выделено обстоятельство. Для смыслового выделения или для попутного пояснения могут обособляться обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей (обычно с предлогами), особенно если при этих существительных имеются пояснительные слова: С приближением неприятеля к Москве, взгляд москвичей на своё положение не только не сделался серьёзнее, но, напротив, ещё легкомысленнее (Л. Т.) — смысловая нагрузка обособленного оборота в начале предложения усиливается в связи с тем, что к временному значению добавляется уступительное (взгляд москвичей становился легкомысленнее не только тогда, когда неприятель приближался к Москве, но и вопреки тому, что он приближался); Петя, после полученного им решительного отказа, ушёл в свою комнату и там, запершись от всех, горько плакал (Л. Т.) — совмещены два значения обособленного оборота — временное и причинное (ушел и горько плакал не только после того, как получил отказ, но и потому, что получил его). 

Обстоятельство в случае наличия необходимых сведений конкретизирует, уточняет обстоятельство в дальнейшем и нуждается в обсоблении: В дальнейшем, в случае наличия необходимых сведений, будет осуществлена подготовка проекта. 

Предпочтительно склонение без выпадения гласной: в Манжероке. 

Корректно выделить в слове прогресс приставку про-, сравнив его с однокоренным регресс.

Оба варианта корректны.

Подробно об этом см. в "Справочнике по пунктуации".

В русской пунктуации не принято ставить запятую перед открывающей скобкой, даже если текст в скобках относится не только к выделяемому запятыми обороту, но и ко всему предложению; запятая ставится после закрывающей скобки: Положение об оплате труда работников ИО РАН, утвержденное приказом № 5 от 09.01.2024 г. (далее — Положение), определяет...