Фраза «дрожать от мышей» является неправильной, потому что глагол «дрожать» в русском языке употребляется с существительными, обозначающими эмоции или состояния, а не с существительными, обозначающими живых существ. Например: дрожать от страха, дрожать от страха перед мышами, дрожать от холода, дрожать от волнения. 

Если эти выражения употребляются как обращение к Богу, запятые нужны. Если же они употребляются вне прямой связи с религией, как выражения междометного характера (передающие различные эмоции: радость, досаду, страх и т. п.), запятая не нужна, а слово господи следует писать со строчной: слава тебе господи, господи помилуй.

Вопрос шрифтового выделения слов и фраз в тексте не регламентируется справочниками по правописанию. В этом вопросе автор должен руководствоваться принципом уместности, например подумать о том, не затрудняет ли восприятие текста частое использование прописных букв. Возможно, для отражения эмоций персонажа будет достаточно некоторых экспрессивных слов и знаков препинания?

Это орфографическая запоминалка, для различения на письме слов бАгровый и бОрдовый.

Судя по контексту, здесь сочетание не знай..., не знай... употреблено в роли разделительного союза (в каких-либо источниках, в том числе в «Словаре русских народных говоров», этот союз не удалось найти), синонимичного союзу то ли..., то ли.... После союза не требуются какие-либо знаки препинания. Что касается вводного слова оказывается, то оно не образует единого сочетания с союзом а (его изъятие возможно без нарушения структуры предложения, сравним: ...а по паспорту она Клавдия). Таким образом, верно: Она с сыном живет. Капитолина Самарина. Хотя не знай Капитолина, не знай Клавдия. Мы все ее Капитолиной звали, а, оказывается, по паспорту она Клавдия.

В сочетании с составным числительным, оканчивающимся на два, три, четыре, существительное ставится в форму единственного числа родительного падежа: 404 дворника (ср. 44 веселых чижа).

В этом предложении слово возможно не вводное: от него зависит придаточное изъяснительное, связанное с ним союзом что (возможно, что (...) она пойдёт на улицу кататься на коньках). Запятую перед ним нужно заменить на другой знак препинания, иначе оно прочитывается как вводное слово, относящееся к первой части: *В правом нижнем углу лежат коньки, возможно (при таком прочтении придаточная часть с союзом что «повисает в воздухе», ей не к чему прикрепляться). Поскольку вторая часть бессоюзной конструкции имеет значение причины, обоснования, рекомендуется поставить двоеточие: В правом нижнем углу лежат коньки: возможно, что, после того как она дочитает книгу, она пойдёт на улицу кататься на коньках. Возможен и вариант с расчленением союза после того как — в «Письмовнике» отмечается, что этот союз может расчленяться в зависимости от некоторых условий, в частности если автор желает подчеркнуть, что на первую часть (в данном случае на сочетание после того) падает логическое ударение: В правом нижнем углу лежат коньки: возможно, что после того, как она дочитает книгу, она пойдёт на улицу кататься на коньках.

Что касается слова также, начинающего предложение, то для определенного ответа нужны контексты. 

В данном случае необходимо понимать, в какой функции и в каком значении употреблено слово ну. Оно фиксируется в словарях как междометие, выражающее определенные эмоции, и как частица. Междометие требует отделения запятой (часто оно вообще представляет собой отдельное высказывание), частица — не требует. См. параграф 108 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.