Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Можно написать так: Поздравляем И. И. Иванова с юбилеем и с 60-летием со дня образования предприятия.

Точка в конце поздравительного текста нужна.

Вряд ли можно говорить об изменении семантики данного слова – скорее, о его неправильном употреблении.Такое нередко происходит с книжными словами: говорящие стремятся украсить ими речь, но при этом плохо представляют себе значение слова. Можно привести еще один пример подобного неверного употребления: книжное слово нелицеприятный очень часто используется в значении 'недоброжелательный по отношению к кому-либо', хотя на самом деле значение этого прилагательного – 'беспристрастный'.

Вы правы, слово царь не является исконно русским.

Мы согласны с журналисткой: сочетание попасть в курьез и вправду нельзя назвать корректным. Здесь нарушена сочетаемость слов. Со словом курьез употребляются другие глаголы: произошел курьез, вышел курьез. А вот глагол попасть употребляется с другим существительным: попасть в переплет.

1. Запятая ставится, так как союз ли... или не входит в число сочинительных и, да, или, либо, указанных Розенталем, а рассматривается в сложносочиненном предложении как повторяющийся союз.

2. В данном случае и - это усилительная частица. Если усилительная частица стоит перед деепричастным оборотм, он не обособляется.

3. Запятая нужна. При встрече сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится, если изъятие придаточного предложения не требует перестройки главного предложения (практически — если дальше не следует вторая часть двойного союза то, так, но, наличие которой требует такой перестройки).

Да, правильно именно так: машина принадлежит Александру Погребняку. Фотография Саши Погребняка. Написано Погребняком (вариант фотография Саши Погребняк возможен, но это будет означать, что речь идет о девочке Саше Погребняк). Бакалавры, доценты, доктора тоже могут ошибаться :) Откройте любой справочник по русскому языку, в котором есть раздел о склонении имен и фамилий, и Вы в этом убедитесь.

Эти названия подчиняются общим правилам. Верно: в городе Чусовом, в городе Прохладном.

В документах правильно: Республика Беларусь, Республика Молдова, Республика Македония ("Бывшая югославская Республика Македония" - только в документах ООН). В литературе используются и неофициальные названия республик.

У лингвистов тоже война :) Разнятся рекомендации, приведенные в лингвистических источниках.

Цитата из статьи Н. А. Еськовой, которую Вы приводите, касается фамилий с ударным -а на конце. Финские фамилии оканчиваются на неударный гласный (ударение в финском языке на первом слоге). О таких фамилиях в исследовании сказано: «Все фамилии, кончающиеся на неударное а после согласных, склоняются по первому склонению». О фамилиях на -я говорится: «Несклоняемы фамилии французского происхождения с ударением на конце: Золя, Труайя. Все прочие фамилии на я склоняемы». Если следовать этим рекомендациям, финские фамилии на -а, -я надо склонять.

Однако в других справочниках приведены иные рекомендации, при этом (в отличие от исследования Н. А. Еськовой) сделаны особые оговорки насчет именно финских фамилий.  Так, в «Справочнике по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (М., 2010) содержится прямое указание: не склоняются финские фамилии на -а. О финских фамилиях на -я ничего не сказано, значит ли это, что они склоняются? Из справочника неясно.

Подробные правила склонения имен и фамилий приведены во вступительной статье в словаре Ф. Л. Агеенко «Собственные имена в русском языке». Здесь читаем: «Финские имена и фамилии, оканчивающиеся на -а неударное, преимущественно не склоняются, например: ПЕККАЛА Mayно, нескл.». О финских  фамилиях на -я тоже ничего не сказано. 

Итак, есть доводы в пользу и склонения, и несклонения финских фамилий на  -а, -я. Какую тогда можно дать рекомендацию? По-видимому, окончательное решение о склонении / несклонении финской фамилии на -а, -я следует оставить за носителем фамилии. Если речь идет о фамилии известного человека (Пеккала, например), следует руководствоваться словарными рекомендациями. Если же словарной фиксации нет, а мнение носителя фамилии узнать невозможно, то финские фамилии на -а, -я лучше не склонять.

Ответы, в которых однозначно рекомендовалось склонять финские фамилии, исправлены.