Оба варианта разбора возможны. Первый основан на современных живых словообразовательных связях слов (прилагательное заповедный образовано от глагола заповедать). Такой вариант разбора представлен в «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова. Второй получается при более этимологичном подходе к морфемному анализу слова. Такой подход принят в орфографии.
Разрушаясь, например при перестановке компонентов, фразеологический оборот превращается в свободное сочетание, и запятая ставится на общих основаниях. Но в Вашем предложении запятая все же не нужна, потому что оборот как рыба тесно связан со сказуемым, которое без сравнительного оборота не имеет законченного смысла.
Предложение сложноподчиненное с тремя однородными придаточными частями: (что много лет не чинил плетень вокруг сада и огорода), (что сломана калитка) и (что вообще немало дел). Знаки между ними ставятся так же, как при однородных членах, ср.: букет из лютиков, ромашек и васильков.
Ряд однородных деепричастных оборотов нужно выделить запятыми. Д. Э. Розенталь давал такую рекомендацию: деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится.
Сокращение г. в скобках опускается не всегда, а при определенных условиях. См. об этом в ответе на вопрос № 302646. Если в скобках есть слова, то сокращение или полное слово нужно оставлять, например: (написан в 1968 году), (26 апреля 2015 г.), (с 2005 г.).
При выборе написания нужно следовать рекомендациям орфографического словаря. Слова приемо-сдаточный и приемо-передающий как прилагательные с сочинительным отношением основ (прием и сдача) и без суффикса в первой части относятся к словарной области написания. Правило можно посмотреть в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря».
В научной статье лучше выбрать форму Великолуцкий уезд, соответствующую старому произношению (такое написание принято, например, в БРЭ). В материале для широкого читателя предпочтителен тот же вариант, но стоит указать в сноске при первом упоминании, что современная форма прилагательного от Великие Луки — великолукский.
Сочетание сторонник критического рационализма является приложением к подлежащему я. Приложения при личном местоимении всегда выделяются запятыми. В данном случае есть и дополнительный фактор обособления: приложение имеет дополнительное значение причинности ('поскольку я сторонник критического рационализма, я считаю любые постулаты потенциально ошибочными').
В таких контекстах при чём — сочетание предлога с местоимением. Подробнее см. на сайте «Орфографическое комментирование русского словаря» (в поисковую строку нужно ввести слово причём, задав функции «Искать в заголовках статей» и «Искать в тексте статей»).
Это сложное предложение, обе части которого неполные (в них отсуствует сказуемое) и при этом построены однотипно, то есть между ними наблюдается синтаксический параллелизм. В этом случае нужно тире в обеих частях: Временный лагерь — в магазине, коробка с награбленным — там же.
