Этимологический корень в слове лягушка ― ляг- (от лягать). Земноводное получило название по способу передвижения прыжками.

Словарь А. Н. Тихонова отражает словообразовательные связи слов в современном языке. По мнению автора, слово лягушка утратило семантические связи с корнем ляг-, а основа лягуш- стала непроизводной и включает корень лягушк-.

В форме множ. числа род. падежа лягушек употребляется вариант с гласной е. Чередование «е // ноль звука» часто встречается при формо- и словообразовании в русском языке.

Слова лягушонок и лягушачий образованы от слова лягушка при помощи суффиксов: лягушк-а → лягуш-онок, лягушк-а → лягуш-ач-ий. В процессе словообразования происходит усечение производящей основы лягушк-.

Подробнее о процессах, служащих для взаимоприспособления морфем в производном слове, см. справочник Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников»: https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/russkij-yazyk-kratkij-teoreticheskij-kurs-dlya-shkolnikov/sredstvo-i-sposob-slovoobrazovaniya.

Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.

В личном окончании глагола (второе лицо, ед. ч.) и должно быть две буквы: -шь. Глагол есть можно отнести ко второму спряжению в соответствии с окончаниями мн. числа (едим, едите, едят). Соответственно, Е - корень.

В этих словах -б- – суффикс, -а – окончание. Вот неполный список других слов, образованных с помощью этого суффикса: борьба, ворожба, гульба, дружба, жалоба, косьба, молотьба, мольба, пальба, похвальба, просьба, резьба, служба, стрельба, тяжба, учеба, ходьба.

В основе слова магнитофон легко выделяются корни -магнит- и -фон-, так как они в тех же значениях входят в состав множества других слов, например: магнитный, магнитосфера, магнитомеханический, магнитно-рельсовый; домофон, граммофон, диктофон.  

Основа слова велосипед в русском языке не членится на значимые части. Слово было заимствовано из французского языка (vélocipède) и восходит к латинскому: vēlōx, vēlōcis «быстрый» + i + pēs, pedis «нога». Разговорные слова вел, велик образовались в русском языке усечением исходного слова (во втором случае еще и с помощью суффикса -ик-) и не свидетельствуют о членимости исходной основы. 

Суффиксоид — это морфема, которая по происхождению является корнем, но по словообразовательной роли близка к суффиксу. Другой пример — -вед (языковед, китаевед).

Основы приведенных Вами слов признать нечленимыми нельзя, они членятся на значимые компоненты бизнес-, конгресс-, вумен-. 

Колодезный - производное от колодезь, поэтому слова колодец и колодезный нельзя считать однокоренными.

В слове предприниматель корень с чередованием, ср. с однокоренными предпринимать, предпринять. См. также здесь. Вопрос о том, какой корень в этом слове, в науке не решается однозначно. А. Н. Тихонов в «Морфемно-орфографическом словаре русского языка» выделяет корень предприним-. Исторический корень — -ним-.

В словах фортепиано и фортепианный корень один, но его звуковой и буквенный состав немного различается. В русском языке так бывает. Четвероклассник уже наверняка сталкивался с такими явлениями, как чередование в корнях (например, книга — книжка, любить — люблю), беглость гласной (сон — без сна), появление в конце приставки гласной о (подбежать — подобраться). Заимствованное слово фортепиано заканчивается на о. Эта гласная могла бы стать окончанием, как в русских словах на о, например: яблоко, окно. Здесь о — окончание, так как это изменяемая часть, ср.: яблоко – яблока, яблоку, яблоком и т. д. Но заимствованное слово фортепиано не стало склоняться, как и многие другие заимствования на о, например: пальто, депо, авокадо, дзюдо. Раз существительное фортепиано не склоняется — окончания у него нет, конечное о принадлежит корню. При образовании в русском языке с помощью суффикса -н- прилагательного фортепианный гласная о усекается, остается корень фортепиан-. То же происходит и в словах пальтецо, пальтишко, авокадовый.