Возможно и слитное, и раздельное написание. Оно зависит от того, что хочет выразить пишущий: отрицание признака (тогда не пишется отдельно) или утверждение признака (тогда не надо писать слитно). Поэтому окончательное решение – за автором текста.

Очевидно, что в договоре допущены пунктуационные ошибки. Расстановка знаков препинания в этом виде противоречит здравому смыслу.

Правильно без запятой. Правило таково: не обособляются распространенные определения, связанные по смыслу не только с подлежащим, но и со сказуемым, в состав которого они входят: Деревья стояли покрытые снегом (смысл высказывания заключается не в том, что деревья стояли, а в том, что они были покрыты снегом). Ср. другие примеры из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация»: В марте зерно лежало ссыпанное в закрома (С.-Щ.); Аккуратный старичок ходил вооружённый дождевым зонтом (М.Г.); Липа стоит как бы окружённая на большом расстоянии замкнутым кольцом этого запаха (Пауст.); Утро наступило умытое дождями, с синими разводьями на полях, с жирным сытым блеском намокшей земли (Ник.).

Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.

В данном предложении запятая между союзами "но" и "когда" ставится потому, что здесь имеется сочетание сочинительного союза "но" с подчинительным союзом "когда".  Внутри второй части предложения "Он продолжал путь, но... неожиданно шина свистнула и осела" находится придаточное времени "когда оставалось всего двенадцать верст". Запятая разделяет главное и придаточное предложения. 

Вы правы. Название склоняется в сочетании не только с полным словом город, но и с сокращением г.: в г. Минске. См. наш материал в «Письмовнике».

Мы передадим Ваше замечание в наш технический отдел.

В этом случае - НЕ.