Пунктуация в этих предложениях вариативна. В первом из них вместо запятой можно поставить тире, во втором — вместо тире запятую. Запятая ставится по общему правилу, а тире подчеркивает значение результата, следствия. Это подчеркивание зависит от намерений автора.

Очевидно, что вариант «СЗ» узнало/выяснило/поинтересовалось сохраняет грамматическую логику названия в «свободном» от родового слова газета употреблении: «Стахановское знамя» узнало/выяснило/поинтересовалось. ​​​​​​​Если учитывать эту связь, то выбор глагольной формы среднего рода представляется объяснимым. Никаких грамматических правил для подобных сокращенных случаев не существует. Фразы, в которых появляются две буквы вместо двух слов, должны оставаться ясными и понятными, не двусмысленными — это и стоит принимать во внимание при выборе форм.

В тексте вставной конструкции сохраняются все необходимые для нее знаки, поэтому и вводные слова выделяются в ней по общему правилу: ...по дороге встретил старого знакомого — скорее всего, бывшего коллегу, — который и рассказал ему о случившемся. Запятая перед тире, закрывающим вставную конструкцию, ставится потому, что далее следует придаточная часть сложноподчиненного предложения.

Глагол выяснить в значении 'сделать ясным, понятным' может сочетаться со словом источник в значении 'то, что дает начало чему-либо'. Ср. у В. В. Проппа: «Другими словами, наша цель — выяснить источник волшебной сказки в исторической действительности».

Определение при существительном, зависящем от числительных два, три, четыре, имеет некоторые особенности употребления (см. «Справочник по правописанию, произношению, литературному редактированию»). Если такое определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа, например: Направо от двери были два окна, завешенные платками (Л. Толстой); Последние два письма, писанные карандашом, меня испугали (Чехов); ...Два огромных осмоленных корыта, привалившиеся друг на друга... торчащие у самого выхода в открытую воду (Федин); Подкатили к колхозному амбару два грузовика, груженные мукой (Ю. Лаптев). Исходя из этого, верно: У него два документа, удостоверяющие его личность. Впрочем, вариант с формой родительного падежа множественного числа (два документа, удостоверяющих его личность) также не является ошибочным. Судя по корпусным данным, подобные сочетания употребляются в текстах в три раза реже, чем сочетания с именительным падежом множественного числа.

Если значение следствия интонационно не подчеркивается, то вместо тире между частями бессоюзного сложного предложения ставится запятая. Таким образом, в первом и втором примерах можно поставить как тире, так и запятую, выбор за Вами.

Третья фраза составлена таким образом, что лучше разделить ее на два предложения или перестроить вторую часть (добавить сказуемое).

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Корректно: Ученые выяснили, у кого – мясоедов, песковегетарианцев или вегетарианцев – риск развития онкозаболеваний, нарушений сердечно-сосудистой системы выше. Обратите внимание: слова песковегетарианец, песковегетарианство пока не зафиксированы академическим орфографическим словарем. Правилам соответствует слитное написание.  

Со строчной буквы: Награжден почетными грамотами Совета Министров СССР, ЦСУ СССР, Министерства экономического развития РФ.

Возможный вариант: Их вклад в историю до сих пор не оценен по-настоящему, и в частности в отношении развития риторики.