При появлении отрицания при глаголе падеж прямого дополнения, как правило, меняется с винительного на родительный (о чем писал еще Пушкин). Строгие нормы хорошей литературной речи требуют соблюдения этого правила. Однако в течение последнего столетия эти нормы испытывали сильное воздействие небрежной, полуграмотной речи, что отмечалось в академической грамматике еще в 1980 г. Современная литературная норма считает употребление, которое Вы защищаете, допустимым, но строгая норма никуда не пропала, поэтому лучшим вариантом является тот, который вы пытаетесь оспорить.

Значительно более подробно см. в статье «Какой падеж нужен при отрицании?», размещенной в «Письмовнике» на портале «Грамота.ру».

Увы, это вопрос не из области русского языка.

Корректно: по пятистам уголовным делам (но: по пяти сотням уголовных дел).

Полагаем, что уместны будут слова извините / прошу прощения за беспокойство.

Корректно: Они как никогда ясно видят необходимость в этом продукте. В данном случае оборот входит в состав цельного наречного сочетания как никогда ясно (= предельно ясно).

В официально-деловой речи такая формулировка вполне корректна.

Корректно: Перед тем как зайти в дом, каждый из гостей разувался у порога, так что на площади в квадратный метр и далее, россыпью уходя в коридор, всё под ногами было усеяно обувью.

В сложных словах типа мертвопокровный на первый слог падает побочное ударение, однако произносятся они со звуком [э], а не [о] после мягкого согласного (см. в орфоэпических словарях: мѐртворождённый; твердоло́бый [не вё]; ч[ие]рносо́тенный и т. п.), поэтому букву Ё писать не следует.

Да, верно, так как слова призрак и сущность являются неодушевленными существительными.

Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).