Слово расстояние заимствовано из старославянского языка, где оно образовано от глагола расстояти 'находиться, стоять в отдалении'. Так что исторически в этом слове тот же корень, что и в глаголе стоять, а рас- – приставка. В современном русском языке приставка в этом слове уже не выделяется.

А что тогда понимать под "господствующей церковью"?

Действительно, мы нередко определяем род несклоняемого иноязычного существительного по роду русского слова, которое рассматривается как синоним или как родовое наименование для данного неизменяемого существительного. Авеню женского рода, потому что слово улица женского рода, а пенальти мужского рода, потому что здесь влияет род слова (штрафной) удар. Но это скорее исключение, чем правило. Очень часто такая проверка не работает, внешний фонетический облик иноязычного слова оказывается более сильным фактором, и слово приобретает характеристику среднего рода. Среднего – потому что это общая закономерность для русского языка: несклоняемые иноязычные существительные, оканчивающиеся на гласный, обозначающие предмет, относятся к среднему роду. Ср.: пальто, кашне, метро, кафе  и т. д.

Вот и в данном случае решающее значение имеет облик иноязычного слова, а не его русский синоним. Несмотря на то что медресе – это школа, существительное медресе относится к среднему роду. Правильно: старейшее медресе.

Запятая нужна, она закрывает придаточное предложение.

Распространенная и общепринятая речевая практика — использовать слова золото и серебро в метонимическом значении.

Прилагательное золотой образовано от существительного золото бессуффиксным способом (в иной терминологии ― с помощью нулевого суффикса). Ср.: золото → золот-ой, свинья → свин-ой, работа → рабоч-ий. болезнь → болезн-ый и др.

Относительные прилагательные, образованные бессуфиксным способом, немногочисленны и очень неоднородны по семантике и стилистическим признакам.

Правильно: в две тысячи девятом году, для две тысячи девятого года.