По основному правилу тире не требуется.
Корректно: не выплачивать премию по итогам работы в июне 2017 года руководителям складов.
Верно: было представлено 50 работ, имевших; были представлены две работы, имевшие... Причастие стоит в том же падеже, что и существительное.
Возможны варианты. Обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются знаками препинания (запятыми). Но при тесной связи оборота со сказуемым (если смысл предложения: работы не просто продолжатся, а продолжатся именно вопреки трудностям) запятая не ставится.
Избыточно сочетание "практика работы".
Никакие знаки препинания (кроме точки в конце предложения) не нужны.
В значении "непрерывно" правильно: без перерывов.
Запятя не требуется. Объяснение с примерами см. в «Справочнике по пунктуации».
Пишется слитно: в случае незаключения.
Решение зависит от того, входят ли слова "в соответствии с обращением" в состав деепричастного оборота.