Да, сочетание в свою очередь не выделяется запятыми, если оно употреблено в значении, близком к прямому, или в значении 'в ответ', 'со своей стороны'. Запятые ставятся, если сочетание в свою очередь используется в переносном смысле и уже не связывается с представлением об очередности действий сторон, а просто указывает на последовательность изложения мыслей.

Для постановки запятой после слова интенции нет оснований.

Обороты с непервообразными предлогами могут обособляться, чтобы предложение не выглядело двусмысленным, но при этом запятые должны стоять с двух сторон оборота. В данном случае — до и после оборота вследствие асимметричного дуализма всякой когнитивной интенции. На наш взгляд, обособление этого оборота не сделает фразу яснее.

Академический справочник под ред. В. В. Лопатина указывает такой перенос как допустимый. Вот цитата.

Если же в группе согласных часть принадлежит приставке или если вся группа начинает вторую часть приставочного слова, предпочтительно учитывать членение слова на значимые части. Предпочтительные переносы: под-бить, под-бросить, при-слать, от-странить. Допустимые переносы: по-дбить, подб-росить; прис-лать; отс-транить и отст-ранить.

В русском языке конечный звонкий согласный (речь идет, конечно же, об отдельностоящем слове вне контекста) обычно оглушается. Исключения из этого правила фиксируются словарями, например:

Русское словесное ударение

«Не секрет» в данном контексте означает «это всем известно» или «это общеизвестный факт». В русском языке существует устойчивое сочетание «не секрет, что...», которое употребляется для введения общеизвестной информации. Пропуск союза весьма характерен для разговорной речи и, на наш взгляд, не создает трудностей для понимания текста.

Судя по нашим наблюдениям, специалисты пишут чаще раздельно: двусторонне ретушированный (см., например, статью в Большой российской энциклопедии «Средневолжская культура»). Ср. аналогично двусторонне обработанные наконечники, орудия; двусторонне оббитые топоры. Слитное написание можно обосновать тем, что данное сочетание терминологизируется. Однако пока терминологизация не завершена, и можно рекомендовать придерживаться раздельного написания, которое, безусловно, легче для восприятия. 

В любом случае вторая из двух указанных Вами запятых нужна: необходимо разделить части сложноподчиненного предложения. Что касается первой запятой, то здесь возможны варианты: в связи с тем что — сложный подчинительный союз, а в начале предложения такие союзы обычно не расчленяются; впрочем, если необходимо логически выделить первую часть союза, то его расчленение допустимо.

Это правило связано с тем, что в данных случаях текст представляет собой отдельную смысловую единицу, которая не требует указания на завершенность с помощью знака препинания. В конце письма, когда пишут «С уважением» и следует подпись, точка также не ставится, так как это часть формального обращения, которое не является самостоятельным предложением.

В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.