Оснований для постановки запятой нет.
Запятая перед как нужна.
Правильно: альтернатива чему. Верный вариант: ...как альтернативы частному автотранспорту.
Обособление не требуется.
Запятая не ставится.
Слово считаные в значении 'очень немногие' пишется с одним Н. Написание этого слова приведено в соответствие общему правилу: в отглагольных прилагательных, образованных от бесприставочных глаголов несовершенного вида, пишется одно Н.
Сравнительный оборот тесно связан по смыслу со сказуемым. Постановка запятой не требуется.
Здесь действует следующее правило.
При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.
Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).
Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.
Запятая не ставится.
Запятая перед как нужна.
