Помета затрудн. может по-разному интерпретироваться лексикографами. В Грамматическом словаре А. А. Зализняка она является в большей степени описательной, нежели нормативной. В предисловии к словарю помета комментируется так: «носители литературного русского языка в тех случаях, когда им в речи требуется по смыслу данная форма, обычно испытывают затруднение и нередко предпочитают обойтись вообще без этой формы, заменив слово синонимом или перестроив синтаксическую конструкцию» (подробнее см. в электронной версии словаря; нужный фрагмент начинается со слов «Сложную проблему для грамматического словаря...»). Нормативная оценка форм, образование которых вызывает затруднения, будет разной, вопрос о нормативности для таких форму решается индивидуально.

Правильно: дается 12 астрономических часов. В подобных сочетаниях главное слово — числительное, оно требует, чтобы зависимое существительное стояло в форме родительного падежа множественного числа: двенадцать (чего?) часов.

Форма единственного числа родительного падежа часа требуется, если главное слово — это числительное два, три или четыре: дается два астрономических часа.

Сочетание в никуда не ошибка. Оно зафиксировано словарями русского языка и означает 'без определенного направления, в неизвестность или в безвестность', например: эти мысли заведут тебя в никуда, дорога в никуда (наряду с возможным дорога никуда).

Это педагогическое творчество, но вполне удачное (т. е. понятное ученику).

Возможно так:

Футляры с благородным цветочным дизайном - нежные цветы ромашки выделяются на чёрном глянцевом фоне - выпускаются в ограниченном количестве.

Закрывать оборот не обязательно.

Все запятые, кроме запятой перед союзом и, лишние. Верно: Все остальные установленные Вами программы будут относиться к окошку «Рабочий стол», и взаимодействовать с ними можно будет лишь в нем.

Предлоги, частицы, союзы ― это отдельные слова. Во что бы то ни стало ― это шесть слов, не придирайся ― два слова.

Да, морфемная структура слов одинакова.

Заглавная буква не нужна.