Кавычки не нужны.
Запятые поставлены верно, но в предложении неудачный порядок слов. Возможен такой вариант: С 2005 года по настоящее время замечания от эксплуатирующей организации, указанные в Вашем письме, в наш адрес не поступали.
Знаки препинания стоят верно.
Правильно со строчной (маленькой) буквы.
При необходимости указать сокращенное наименование договора указывают в начале документа после полного наименования в скобках: (далее Договор).
Знак № дублировать не нужно.
Дело в том, что морфемный разбор делают в школе, а там понятие морфа не вводится, морф и морфему не различают. Более того, само понятие морфемы для школы относительно новое. Загляните в учебники: во многих из них предлагается выполнить даже не морфемный разбор, а разбор слова по составу. При этом понятие морфемного разбора вряд ли можно признать неправильным. В слове выделяются морфы как представители морфем. Для этого морфы данного слова должны сопоставляться с морфами тех же морфем в других словах. То есть при разборе слова по составу (по морфам) мы от «морфного» уровня неизбежно поднимаемся на морфемный.
Оба варианта неудачны.
