В первой части этого предложения однородные сказуемые соединены попарно союзом или: беременны или кормите; думаете или планируете — в таких случаях запятая перед этим союзом не нужна. От сказуемого думаете зависит придаточная часть что забеременели, которую нужно выделить запятыми. Таким образом, корректен следующий вариант постановки знаков препинания: Если Вы беременны или кормите ребенка грудью, думаете, что забеременели, или планируете беременность, перед началом применения препарата проконсультируйтесь с врачом или работником аптеки.

Действительно, в специальных текстах принято писать названия языков программирования с прописной буквы. Это традиция употребления. При этом в качестве нормативного в «Русском орфографическом словаре» РАН зафиксировано написание со строчной буквы. Выбор варианта может быть обусловлен стилистикой текста.

Антигуа и Барбуды в словарной статье – форма родительного падежа (население Антигуа и Барбуды). Название государства в именительном падеже: Антигуа и Барбуда.

В издательской практике приняты разные варианты оформления ссылок. Сокращенное название, данное в квадратных скобках, можно не обозначать многоточием: [Объяснительная записка, 1996].

Возможно и слитное, и раздельное написание. Оно зависит от того, что хочет выразить пишущий: отрицание признака (тогда не пишется отдельно) или утверждение признака (тогда не надо писать слитно). Поэтому окончательное решение – за автором текста.

Корректно: в городе Самаре, в городе Москве.

Инициалы в этом случае лучше поставить перед фамилией.

Это не дательный, а предложный падеж. В предложном падеже единственного числа существительные мужского рода могут иметь как окончание -е, так и окончание -у. Различие между указанными формами может быть связано со значением (ср.: на доме — на дому) или со стилистической окраской (ср. книжный вариант в отпуске и разговорный в отпуску).̋

Запятая нужна.

Пунктуация в предложении верна.