В приведенных примерах корректно написание с большой (прописной) буквы.

С одиночными причастиями не пишется слитно. Правильно здесь: неперекрашенное.

Правила согласования топонимов и личных имен с родовыми наименованиями отличаются от правил согласования иных наименований. Ср.: к сыну Николаю (согласуем), в городе Москве (согласуем), о профессоре Кронгаузе (согласуем), но в диалоге "Пир", в поэме "Дядя Степа", на планете Марс.

Каких-либо специальных правил для такого рода названий нет. Если нужно подчеркнуть уникальность наименования (т. е. подчеркнуть, что перед нами имя собственное, а не просто обозначение кристалла какого-то цвета), целесообразно, на наш взгляд, руководствоваться общим правилом: в именах собственных – наименованиях, состоящих из нескольких слов, с прописной буквы пишется только первое слово (если в состав наименования не входят другие имена собственные): Золотой кристалл, Серебряный кристалл. Если наименование сокращено до одного только слова (и по-прежнему нужно подчеркнуть, что это имя собственное), оно пишется с прописной: Кристалл.

Словарная фиксация: в Клину (см. «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко). При этом вариант в Клине отнюдь не нов: его можно встретить у В. И. Даля (1839 г.) и даже в документах М. И. Кутузова (1812 г.): Предписание М. И. Кутузова вновь формируемому в Клине 10-му пехотному полку № 76. 29 августа 1812 года. С получения сего без ночлегов, но только с варением каш и отдыхами, предписываю оному полку, немедленно выступя, прибыть в Москву. Справедливости ради следует заметить, что других примеров такого употребления в Национальном корпусе русского языка не зафиксировано. 

Возможно, на распространенность варианта в Клине влияет гиперкоррекция (когда стремление говорить правильно приводит к появлению ошибочных форм): вариант в Клину может казаться говорящему менее правильным (как разговорное в отпуску при предпочтительном в отпуске). Тем не менее именно употребление в Клину соответствует строгой литературной норме.

По правилам русской орфографии не допускаются слитные написания с прописной буквой в середине слова. К сожалению, при регистрации названий организаций эта норма нередко игнорируется, а потом названия приходится писать так, как они закреплены в уставных документах, даже если это противоречит правилам.

Лучше перефразировать связанную с разработками недропользователей земель, например: связанную с освоением земель, используемых...

Тип текста имеет значение. Процитируем 6-е издание «Русского орфографического слоаря» (М., 2023):

Написание сокращения ч (без точки) соответствует требованиям ГОСТ 8.417–2002 и используется в специальных, учебных, а также любых других видах текстов; сокращение ч. (с точкой) является обычным текстовым сокращением слова (не терминологическим) и используется в неспециальных текстах.

1. Тире не требуется. 2. Следует писать с большой буквы.

Верно: уточнить вопрос, потребность в чтении, в соответствии с документом.