Запятая не нужна, но нужно тире, чтобы закрыть перечислительный ряд с обобщающим словом категории: Категории логики: единичное и общее, система, явление и сущность, причина и следствие, закон — и их использование в науке.

Возможны оба варианта. Скобки позволяют передать «отчужденность» вставки от остального предложения, но не препятствуют и согласованию поясняющих приложений с поясняемым существительным.

Поскольку отрицание относится не ко всему именному сказуемому, а только к его части — местоимению те, тире нужно поставить для логического и интонационного подчеркивания этого отрицания.

Предпочтительно: Я не хочу злить вас и говорить что-то типа «это позор», но... См. также ответ на вопрос 296403.

Предложение (фрагмент) нужно отредактировать. Возможные варианты:

• Птицы вылетали из своих укрытий и, обрадованные окончанием стихии, весело щебетали;
• Птицы вылетали из своих укрытий. Обрадованные окончанием стихии, они весело щебетали.

Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.

Лучше: Было бы ошибкой считать, что...

Запятая не нужна, но будет уместно тире: Поругались бы с таким видом? Мы — да.

В таком контексте сочетание в соответствии с предложением имеет значение вводной конструкции, указывающей на источник информации, а потому выделяется запятыми (сравним: Поддержка была оказана в соответствии с предложением руководства — здесь оборот с предлогом в соответствии с является обстоятельством и не требует обособления).

Если нужно выразить сравнение и устранить неоднозначность, лучше использовать другой сравнительный союз, например: …носили, словно оберег, в кармане у самого сердца. Если нужно выразить значение ‘в качестве’, можно изменить предложение: …их читали и перечитывали, считали оберегом, носили в кармане у самого сердца.