Вы оформили предложение корректно.

Да, запятая после вводного сочетания скорее всего нужна.

Тире поставлено перед распространенным приложением, стоящим в конце предложения, оно подчеркивает самостоятельность такого приложения (см. пункт 2 параграфа 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Другие тире в предложении неуместны.

Ответить на Ваш вопрос мы попросили д. ф. н. М. Я. Дымарского.

Если полагать, что грамматическая основа предложения должна с достаточной полнотой отражать его смысл, нам придется переписать всю грамматику, отказаться, например, от понятия прямого дополнения и считать, что в предложении Кошка поймала мышку сказуемое — поймала мышку.

В реальности грамматическая основа потому так и называется, что она содержит только тот минимум, который необходим для того, чтобы предложение вообще состоялось. Все остальное называют распространителями (в школе — второстепенными членами), а вот распространители бывают обязательными и необязательными. Обязательным распространитель является в том случае, если без него предложение оказывается неполным (например, Кошка поймала — неполное предложение, потому что в нем опущено обязательное прямое дополнение).

Если Вам кажется, что первая — обязательный распространитель, Вы  может считать его таковым (хотя в реальности предложение без него не становится неполным). Но это в любом случае определение, а не компонент подлежащего. Другое дело, что это определение входит в состав подлежащего, то есть ту часть предложения, которая представляет собой подлежащее со всеми его распространителями.

Правильно слитное написание: Школа, школа, ты похожа на корабль, плывущий вдаль... Вдаль здесь – наречие.

Во избежание двусмысленности разумнее использовать описательный оборот: корабли, принадлежащие компании "Дело". 

Для начала - почитать учебник. Посмотрите в учебнике Е. И. Литневской, опубликованном на нашем портале.

Такое употребление корректно.

Запятую ставить не надо.