Слово желательно не является вводным, запятая не требуется.
Без контекста ответить на этот вопрос невозможно. Нужно видеть предложение полностью.
Обособляется определительный оборот, стоящий после определяемого слова.
Существуют паронимы главный — заглавный.
По общему правилу тире не требуется, но для логического подчеркивания, интонационного выделения оно вполне может быть поставлено.
Думаем, редактор неправа, если латинские буквы выступают не в роли приложений, а как заменители чисел (N измерений, k неизвестных и т. д.).
Все правки (кроме примера 4) спорные. В примере 1 запятую зачеркивать не стоило: обороты с предлогом помимо в знач. 'кроме' могут обособляться и, как показывает практика письма, чаще обособляются. Во втором примере возможны и тире, и запятая; окончательное решение принимает автор текста. В примерах 3 и 5 постановка запятых зависит от смысловых оттенков, от интонации, однозначного ответа здесь быть не может. В примере 4 запятая после не на кого обязательна: здесь кончается придаточное предложение.
Дополнительные знаки препинания в этом предложении не ставятся.
Поскольку перед составным союзом есть слово особенно, запятая ставится между частями союза и не ставится перед ним: "Панцирь-СМ" на базе "Торнадо" заслуживает особого внимания особенно после того, как в "Панцире С1" нашли недостатки.
Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
