В «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указано, что топонимы в сочетании с географическим термином бухта обычно не склоняются. Исключение составляют случаи, когда топонимы выражены именами прилагательными: в бухте Котор, но в Сиднейской бухте.

Вы правы, конструкцию можно подвести под разные правила. Мы рекомендуем оборот с союзом как, относящийся к личному местоимению, обособлять, так как определения при личном местоимении всегда обособляются, чем бы они ни были выражены, в какой бы позиции ни стояли. 

Тире между подлежащим и сказуемым, которые выражены существительными в форме именительного падежа, обычно не ставится, если перед сказуемым стоит отрицание не: Инспектор ДПС не медик. Но если автор текста хочет логически и интонационно подчеркнуть сказуемое, он вправе поставить тире.

Во второй части предложения (после но) подлежащее и сказуемое выражены существительными. Однако тире между ними не ставится, поскольку перед сказуемым есть частица вовсе и отрицание. Таким образом, верная пунктуация: Они действительно обладают отличной выносливостью, но причина этого вовсе не врожденная способность.

Союз как имеет здесь значение «в качестве», а значит, оборот с этим союзом не обособляется; поскольку однородные подлежащие выражены инфинитивами, между подлежащим и сказуемым ставится тире: Ваша задача как врача — не только лечить болезни, но и предотвращать их.

По основному правилу тире ставится.

Между подлежащим и именным сказуемым на месте отсутствующей связки ставится тире, если подлежащее и сказуемое выражены существительными в форме именительного падежа.
Тире может не ставиться, если в письменной речи отражено произношение с логическим ударением на сказуемом.

Тире не нужно. Тире между подлежащим и сказуемым (которые выражены существительными) обычно не ставится, если между ними стоит вводное слово, наречие, союз, частица.

Неправильное употребление кавычек может быть пунктуационной ошибкой (например, при оформлении прямой речи) или орфографической ошибкой (например, при выделении названий).

Да, по правилу тире не ставится, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит вводное слово, обстоятельство или дополнение, а также союз или частица. Но в данном предложении главные члены выражены неопределенной формой глагола, а не существительным. Наличие частицы в этом случае не снимает знака.

Обороты как слышишь и как говоришь по форме представляют собой неполные придаточные предложения. В составе сложного предложения придаточные обособляются. Подобные части не обособляются, если образуют цельные по смыслу выражения, то есть выражения, эквивалентные члену предложения (ср.: найду чем заняться = найду дело, сделать как следует = сделать хорошо, приходить когда вздумается = приходить в любое время). В справочниках по пунктуации обороты как слышишь и как говоришь в ряду цельных выражений не упоминаются и на письме обычно обособляются. Однако можно предположить, что в контексте у них появится фразеологически связанное значение, при котором обособление будет не нужно, например: Девочка талантлива, пишет как говорит (то есть пишет легко, свободно).  

Вот правило: запятая в сложносочиненном предложении перед союзом и не ставится, если его части выражены двумя вопросительными предложениями. Авторскую пунктуацию не следует понимать как намеренное нарушение пунктуационных правил.

В примере ты считаешь себя красивым или умным? запятой тоже быть не может (если писать по правилам).