Пример относится к случаям, когда «перечисляемые разновидности предметов или явлений внутренне связаны» (см. пункт 4 параграфа 194 «Справочника по правописанию, произношению, литературному редактированию»). Существительное здесь употребляется в единственном числе: Нанесите тени на верхнее и нижнее веко.

Запятая нужна: здесь есть два сравниваемых понятия — начинка и тесто.

В таком случае нужно использовать многоточие. Вопросительный знак при этом вполне возможно опустить, чтобы показать незаконченность высказывания; вопросительное слово почему в начале предложения само по себе указывает на вопрос:
— А почему тут написано, что ты ино...
— Тихо!

Что в данном случае употребляется в значении 'который', в этом значении оно может соотноситься как с неодушевленными существительными, так и с одушевленными. Ср.: И мальчик, что играет на волынке, И девочка, что свой плетет венок... (А. Ахматова).

Общее правило таково: в составе сложноподчиненных предложений запятой отделяются неполные или близкие к неполным придаточные предложения (Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. 7-е изд. М., 2010). К особым случаям, когда запятая в сложноподчиненном предложении не ставится, Ваше предложение не относится. 

В справочнике «Современный русский язык. Пунктуация» Д. Э. Розенталь, описывая более подробно пунктуацию в сложноподчиненных предложениях с неполными частями, не приводит примеров предложений с двумя неполными частями, но указывает, что при неполной главной или неполной придаточной запятая нужна. Из всего следует, что в конструкции с двумя неполными частями запятую ставить нужно.

Формально правило здесь другое: в первом примере сложносочиненное предложение с общим второстепенным членом, во втором – сложноподчиненное с однородными придаточными. Но запятая не ставится в обоих случаях.

Тире совершенно не обязательно. В неполном предложении тире ставится только при наличии интонационной паузы.

Предложение составлено верно.

Указанная запятая не нужна. Обратите внимание, что часть и её руки помахали детям кажется очень странной.

В словарях зафиксирована частица а, выражающая сильное удивление, восхищение или возмущение и занимающая заключительную позицию в вопросительном или восклицательном предложении. Следовательно, после нее возможен как тот, так и другой знак, а также их сочетание. Частица ну в подобной функции и в этой позиции в словарях не отмечена, но очевидно, что пунктуация при ней будет такой же, как при частице а.