Запятая перед союзом или нужна, поскольку он вводит пояснительный член предложения.
Запятая перед соответственно не требуется. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Верно: ...начало XX века.
Верно: 50 образцов сыворотки.
Общее правило таково: служебные слова, входящие в состав западноевропейских фамилий, пишутся со строчной буквы (ван, де, делла и т. п.). Однако есть исключения: Ван Гог, Ван Дамм.
Верен второй вариант: 71 рейс.
Сочетание 21.01.2084 года рождения играет роль несогласованного определения при имени собственном Иванова Ивана Ивановича. Несогласованные определения, относящеся к именам собственным, обособляются (см. пункт 1 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Верно: возможность 3D-трансформирования.
В каждом из приведенных Вами примеров возможны оба варианта.