Правилен первый вариант.
Форма множественного числа возможна, если имеются в виду разные элементы. Например: чёрные металлы (железо и его сплавы), благородные, драгоценные металлы (золото, серебро, платина), цветные металлы (о всех металлах, кроме чёрных). Если в одном магазине продаются ветчина, очки и цемент, почему бы не предположить, что в нем выставлены на продажу и разные металлы?
В современном русском языке глагол полоскать (промывать после стирки, мытья, погружая в чистую воду) является непроизводным, то есть он ни от чего не образуется. Исторически, по предположениям этимологов, полоскать восходит к древнему звукоподражательному слову, звучавшему примерно как «пол». Русскому слову полоскать с полногласным сочетанием оло соответствует церковнославянское пласкати с неполногласным ла (ср. подобные пары: золото – злато, волосы – власы).
В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» (М., 2003) варианты исчисляться чем и во что приведены как равноправные.
Вообще говоря, ни один из вариантов не является удачным. Можно сказать: на мероприятия затрачено, потрачено столько-то.
Корректно: лишние 1000 (тысяча) рублей и лишняя тысяча рублей. Обратите внимание, что при согласовании по форме ед. ч. ж. р. слово тысяча не следует писать цифрами.
Смысл этого предложения неясен, фразу следует перестроить.