Дело здесь не в расстановке запятых. Предложение построено неправильно, ошибка в употреблении деепричастных оборотов: они не связаны с подлежащим (мысль). Всё предложение надо править. Например: Смотря на то, как растекается густая красная жидкость по водоёму, и покручивая в руках только что добытый клинок, я подумал...

Поскольку в предложении имеется обобщающее сочетание пара вопросов, каждый вопрос начинается со строчной буквы: Пара простых вопросов: сколько чистых палочек вам понадобится? сколько капель раствора понадобится при определении группы крови? при определении А(II) или В(III) группы? Если вы уверены в своих ответах, переходите к следующей главе.

Если придаточная часть сокращена до одного только союзного слова, запятая не ставится. Правильно: Не знаю почему. Расскажи как. И т. п.

Верно с запятой перед ТО.

Цитата из пособия Е. И. Литневской: Составная сравнительная степень изменяется так же, как положительная степень сравнения (исходная форма), т. е. по родам, числам и падежам, а также может стоять в краткой форме (более красив).

Такое сочетание не вполне корректно. Согласно словарям русского языка, прилагательное граничный соотносится с сущ. граница в значении «линия раздела между территориями, рубеж», напр.: граничные знаки (пограничные знаки).

Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать. 

Как указывается в «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, несогласованные определения, как правило, однородны. Поэтому корректно с запятой.

Сочетание по крайней мере в значении «самое меньшее», «минимум», «хотя бы» (как в приведенном примере) не выделяется запятыми. Вместе с тем сочетание по крайней мере за то можно выделить как присоединительную конструкцию, если на слове простить автор хочет поставить логическое ударение: ...мы обязаны его простить, по крайней мере за то, что он был гением.